變頻電機車在轉動電機車調速手柄后，機車還是不運行，主要是以下原因：

首先檢查變頻器是否有故障保護動作，故障燈亮時，并按下復位鍵按鈕復位。如果不能復位，需要通過操作面板查看故障保護類別，請專門維修人員做進一步的故障判斷和維修。

若故障保護沒有動作，可判斷為是司控器內的調速電位器損壞，需要專門維修人員來更換。

以上就是變頻電機車轉動調速手柄后機車還是不運行的主要原因。